Rezidencí dynastie zůstala Ictaveji. Mezi tím se však většina nomů osamostatnila pod vládou cizích správců (14. dynastie) a vládci 13. dynastie museli ustoupit do Horního Egypta.

V 1. pol. 17. stol. př.n.l. do Egypta pronikla vlna středoasijských přistěhovalců. Egypťané označili přistěhovalce titulem beduínských náčelníků hekau-chasut, "vládci cizích zemí", který antičtí autoři přepisovali jako hyksós. Pomocí nových zbraní a účinné vojenské taktiky (válečné vozy tažené koňmi, složené luky většího dostřelu a průraznosti, bronzové meče) ovládli celou Deltu a založili v Avarisu vlastní dynastie. V Horním Egyptě si udrželi relativní nezávislost thébští vládci. Nejvýznamnějšími hyksóskými panovníky byli Chajan a Apopi. V této době opět kvetly obchodní styky se zahraničím: Chajanovo jméno je doloženo na předmětech nalezených nejen v Horním Egyptě, ale také v Knóssu a Malé Asii.