Za jižní hranicí se mezitím vytvořilo samostatné núbijské království, které sice uznávalo hyksóskou nadvládu v Egyptě, ale zároveň poskytovalo thébským vládcům vojáky.

Thébští (vésetští) vládci, kteří se ve své funkci často střídali, měli jen lokální význam, i když se jejich území rozkládalo mezi Abydem a Elefantínou. Přibližně od roku 1640 př.n.l. začali tito vládci (17. dynastie) užívat faraónskou titulaturu. Za svůj politický vzor si vybrali thébské vládce 11. a 13. dynastie. Brzy zahájili boje s hyksóským panovníkem Apopim, v nichž Sekenjeme padl, jak dokazují smrtelná zranění na jeho mumii. V úspěšných osvobozovacích bojích pokračoval jeho syn Kamose. Tehdy se nepodařilo Apopimu dohodnout se s Núbijci, aby vytvořili druhou frontu a napadli Egypt z jihu. Kamose naopak uspořádal tažení do Núbie. Když Hyksósové nebyli z Egypta ještě úplně vypuzeni, zanechal svému bratru Ahmosovi území, které sahalo až k Fajjúmu. Byl to právě Ahmoset, kdo dosáhl konečného vítězství nad Hyksósy. Sjednotil Egypt a založil novou, 18. dynastii.