Jejím nástupcem se stal její nevlastní syn Thutmose III. (vojevůdce), který byl 22 let jejím spoluvládcem. I mrtvou královnu nenáviděl a nechal ve všech chrámech stesávat její jméno a odstraňovat památky na její vládu, během níž Egypt ztratil Sýrii a část Palestiny. Již v roce 1468 př.n.l. (ve stejném roce zemřela i Hatšepsut) uspořádal do této oblasti vojenské tažení.

Na asijském území zavedl Thutmose III. přísnou správu v čele se "správcem severních zemí". Núbii, která dodávala zvlášť zlato a vojáky ovládl Egypt až ke čtvrtému kataraktu (až k hranicím Súdánu). Thutmose III. se často zdržoval ve vojenské Memfidě, častěji než v hlavním městě Thébách. Vybudoval profesionální armádu a podporoval obchodní styky s cizinou. Po jeho smrti nastává pozvolný úpadek.